「港版國安法」草案的初步內容日前曝光，盛傳最快在月底全國人大委員長會議通過，終審法院首任首席法官李國能今日（6月23日）分別透過《明報》、《南華早報》撰文，認為草案中規定由行政長官指定法官審理國安法案件，做法會損害司法獨立。他又提到，中央機構或對「極少數」危害國家安全犯罪案件行使管轄權，案件會在內地處理及審理，案件的被告不能享有本港司法程序的保障，因此仍會破壞《基本法》下香港法院獲授權行使的獨立司法權力。
全國人大常委會議 6月28至30日舉行 | 張建宗：港版國安法極為必要及迫切
李國能先在文中指出，「港版國安法」的草案細節至今仍未公佈，實屬不幸，但值得留意的是，全國人大常委會法制工作委員會的《說明》表示，會跟隨香港的法律原則，包括無罪假設，亦沒有建議法例附設追溯力。
基本法規定特首按獨立委員會推薦命法官
他隨後提到，認為由行政長官有權指定若干法官審理涉及危害國家安全的案件，會損害司法獨立，因為根據《基本法》，行政長官是按獨立委員會，即司法人員推薦委員會的推薦而委任法官，挑選法官是建基於他們的司法及專業才能，法官會獨立地行使司法權力，不受任何干預。
特首欠缺對法官的經驗和專長缺認知
他認為，司法機構獨立於行政機關，應由獨立的司法機構決定審理這些案件的法官，不受行政機關的干預。另外，行政長官會欠缺挑選法官時所需知道的法官的經驗和專長，加上行政長官作為「維護國家安全委員會」的主席，因此並不適宜獨自挑選指定法官。他建議，行政長官挑選處理國安法案件的法官時，必須依據首席法官或司法人員推薦委員會的建議，這能確保選人是基於專業和獨立的基礎。
被告送內地審理 不受本港司法程序保障
他又指出，中央機構或對極少數危害國家安全犯罪案件行使管轄權，也引起極大的關注。他認為，中央機構行使管轄權時，相關案件會在內地處理及審理，因此案件的被告不能享有香港司法程序的保障。雖然管轄權只會在最例外的情况下行使，這仍會破壞香港法院在《基本法》授權行使的獨立司法權力。
對於李國能的意見，行政長官林鄭月娥指自己非常尊重對方，但澄清指由行政機構作出檢控及指定聽審法官的講法，是完全錯誤。他解釋，特首只是指定各級法院多名法官審理國安案件的名單，並非指定某位法官去審某一案件，涉及國安的案件仍會由司法機構負責，處理國安案件的法官，全都來自現行機制產生的法官，不會影響各級法院仍是獨立進行審訊，香港司法獨立不會受任何干涉。
林鄭：特首行政機關及特區首長有雙重身分
對於有人認為她只是行政機關首長，處理司法機關並不恰當及造成干預，她指特首有雙重身份，除是行政機關首長外，亦是整個特區行政區的首長，強調《基本法》中已有列明。
林鄭月娥續指，自己並不認識所有法官，並沒與法官有有私下交往，更不會了解各法官的專長，所以她在指定法官名單時，必定會向首席法官諮詢。
